Voor de realisatie van de EHS is de inzet van alle potentiële natuurbeheerders noodzakelijk. Naast de bekende terreinbeherende organisaties zoals Staatsbosbeheer en Natuurmonumenten zijn ook boeren en particuliere natuurbeheerders nodig. Door ingewikkelde regelgeving leggen deze beheerders nog nauwelijks natuur aan. Ook ervaren deze beheerders wantrouwen bij de overheid. De raad adviseert de regelgeving en subsidies door te lichten en deze te vereenvoudigen. De komende veranderingen in het EU-landbouwbeleid bieden mogelijkheden voor agrarisch natuurbeheer indien de overheid goed op die veranderingen inspeelt.
De raad wil subsidies voor beheer bij voorrang toekennen aan die beheerders die een grote eigen inzet leveren. Dat stimuleert de natuurbeheerders om een beroep te doen op burgers en bedrijven voor bijdragen aan het beheer, in de vorm van meedenken, vrijwilligerswerk en geld. Die betrokkenheid verankert het draagvlak voor natuur in de samenleving en geeft de beheerders de rol van volwaardige partner van de overheid. Via de komende herziening van het Programma Beheer kan de overheid deze aanpak invoeren. Nu legt de overheid de beheerders een taakstelling op voor het aantal te realiseren hectaren nieuwe natuur. In plaats daarvan zou de overheid de condities moeten scheppen die alle categorieën beheerders stimuleren om meer natuur aan te leggen.
Het terugdraaien van eerdere bezuinigingen op het natuurbeleid door het kabinet Balkenende II biedt perspectief voor de realisatie van de EHS. Die middelen dienen dan wel voor lange tijd beschikbaar te blijven. Niet alleen om nieuwe natuur te realiseren, maar ook om potentiële natuurbeheerders het vertrouwen te geven dat zij ook in de toekomst op de overheid kunnen rekenen. De financiële verantwoordelijkheid voor de Ecologische Hoofdstructuur moet bij de nationale overheid blijven liggen, net zoals dat voor het rijkswegennet het geval is. Een versnelde aanleg van de EHS is voordelig voor de natuur en voor de economische ontwikkeling van gebieden. De provincies kunnen daaraan bijdragen door geld voor te schieten. Ook zullen via initiatieven op lokaal niveau projectontwikkelaars en horeca die verdienen aan natuur nadrukkelijk uitgenodigd moeten worden een bijdrage te leveren aan natuur.
Door de klimaatverandering veranderen de levensomstandigheden voor planten en dieren. De hogere temperaturen dwingen soorten zich naar de koelere streken in het noorden te verplaatsen. Het steeds vaker optreden van perioden met extreme droogte en neerslag bedreigt de overleving van soorten binnen en buiten natuurgebieden. Vooral hoogveen, heide, schrale graslanden, duinen, kwelders en moerassen zijn kwetsbaar. Vergroting van natuurgebieden en versterking van verbindingen tussen natuurgebieden is nodig om soorten in staat te stellen de extreme weerscondities ter plekke te overleven en zich in Europa van zuid naar noord te verplaatsen. Op dit moment gaat de klimaatverandering sneller dan de herinrichting van het landelijk gebied. Daarom zal de regering minstens in 2005 moeten besluiten welke aanpassingen in de EHS nodig zijn.