In het regeerakkoord heeft het kabinet aangekondigd dat het Waddenfonds zal worden gedecentraliseerd. Een mogelijke invulling is dat de waddenprovincies de volledige zeggenschap over het fonds krijgen. Een volledige overdracht van het fonds naar de provincies leidt volgens de Raad tot versnippering van de subsidies. Het geld zal per provincie worden verdeeld en komt zeer waarschijnlijk terecht bij kleinere projecten en niet bij de projecten “die er toe doen” die vaak provinciegrensoverschrijdend zijn. Dit gaat ten koste van de met het fonds bedoelde impuls voor het totale gebied.
De Raad ziet wel mogelijkheden voor een gedeeltelijke overdracht van taken. De provincies worden in dat geval verantwoordelijk voor de uitvoering en nemen de besluiten over het toekennen van subsidies. Het Rijk blijft daarbij eindverantwoordelijk en zal randvoorwaarden stellen. Op die manier kunnen de belangen in het gebied die verder reiken dan de provinciegrens worden zekergesteld en wordt het realiseren van de doelen van het fonds beter bewaakt.