Bij brief van 9 januari 2004 heeft de Staatssecretaris van V&W de commissie verzocht te adviseren over de op te stellen maatschappelijke kosten baten analyse waterbodems (MKBA). De commissie heeft een advies gegeven over het eindrapport. De commissie is van oordeel dat de conclusie dat extra baggeren loont, niet zonder meer getrokken kan worden.
De commissie beveelt aan om de verschillen in baten/kosten verhoudingen van baggeren per stroomgebied inzichtelijk te maken, om zodoende een goede prioriteitsstelling (tussen sectoren) te ondersteunen en de gebruikswaarde voor het beleid te verhogen. Daarnaast adviseert de commissie dat zowel de rijks- als de provinciale overheid gebruik gaat maken van de in de Wet Ruimtelijke Ordening opgenomen interventie-instrumenten om voldoende stortcapaciteit te realiseren.